Trường THCS Quang Trung được thành lập theo quyết định số 119/QĐ-UBH ngày 22/8/1987 của UBND huyện Tân Phú trên cơ sở tách từ trường PTCS Phú Lộc A thành 02 trường: trường THCS Quang Trung và trường Tiểu học Nguyễn Huệ.

Do nhu cầu phát triển giáo dục của địa phương, đến năm 1995 tách cơ sở 2 của nhà trường thành trường THCS Nguyễn Chí Thanh thuộc xã Phú Lộc, đến năm 1998 tách cơ sở 3 của trường thành trường THCS Trà Cổ thuộc xã Trà Cổ.

Buổi đầu tách trường, chưa có phòng học, nhà trường phải mượn tạm dãy phòng gỗ của trường tiểu học, phải xếp thời khóa biểu học xoay vòng kể cả thứ 7, chủ nhật. Trong học kỳ I (1987- 1988) chính quyền địa phương tích cực xây dựng 3 phòng học kiên cố để chuyển học sinh lớp 9 lên địa điểm mới (km 126 nay là cơ sở 2 của trường tiểu học Nguyễn Huệ). Để có 3 phòng học, học sinh lớp 9 buổi sáng đi học, buổi chiều phải đi lao động chuyển đá từ km 120 về km 126 xây dựng phòng học.

Có được 3 phòng học khang trang học sinh lớp 9 chuyển về cơ sở mới, còn các khối 6, 7, 8 vẫn học trường mượn. Năm năm tiếp theo xã lần lượt xây dựng mỗi năm 2 phòng, nâng tổng số phòng học lên 9 và chuyển toàn bộ học sinh cấp 2 lên cơ sở mới.

Tuy nhiên, số phòng học chưa đáp ứng được nhu cầu thực tế, học sinh và giáo viên vẫn

dạy- học xoay vòng (kể cả thứ 7, chủ nhật). Văn phòng làm việc chỉ là một cái bàn học sinh đặt tạm ở hành lang để giáo viên nghỉ giải lao đổi tiết.

Sân trường của cơ sở mới vừa thấp, vừa trũng và ngập rác mía do nằm trên lò đường cũ. Những ngày ấy giáo viên, học sinh toàn trường phải tham gia lao động và đóng góp đá để nâng mặt bằng sân trường. Đây thật sự là một “kỳ công” của thầy và trò trong giai đoạn hình thành ngôi trường mới.

Khi số phòng học tạm ổn, chính quyền xã và hội cha mẹ học sinh tiếp tục vận động để xây dựng cổng trường, văn phòng làm việc. Khi đó trường cấp 2 Quang Trung mới có “bộ mặt” là trường học (trường cấp 2 Quang Trung là trường đầu tiên mang tên danh nhân lịch sử, văn hóa trên địa bàn huyện).

Tình hình đội ngũ lúc đầu chỉ có 25 người, không đủ cơ cấu ở các bộ môn nên phải dạy chéo ban và kiêm nhiệm nhiều công việc, không có nhân viên bảo vệ, nhân viên phục vụ cũng không. Với sự sáng tạo, linh động trong công tác quản lý, Ban Giám Hiệu đã tham mưu với các cấp lãnh đạo hợp đồng, tuyển dụng nhiều giáo viên ở các nơi khác về nhằm đảm bảo đủ về số lượng, đồng bộ về cơ cấu, giúp các em học sinh địa phương có một môi trường giáo dục tốt nhất để rèn đức, luyện tài.

Năm 1991 Huyện Tân Phú được chia tách thành 2 huyện Tân Phú và Định Quán, trường cấp 2 Quang Trung thuộc huyện Tân Phú.

 Đến năm 2004 được sự quan tâm của UBND tỉnh Đồng Nai, UBND huyện Tân Phú, Phòng Giáo dục & Đào tạo huyện Tân phú, trường đã được xây dựng mới  tại  khu 10, thị trấn Tân Phú với quy mô gồm 03 khối nhà: khối hành chính (1 trệt, 1 lầu), khối lớp học (1 trệt, 3 lầu), khối Hội trường. Ngoài ra trường còn có sân chơi, sân chào cờ, bãi tập thể dục, thể thao, nhà xe giáo viên, nhà xe học sinh, cây xanh, các khu vực được bố trí hợp lý, chính thức đưa vào sử dụng từ năm học 2005 –2006.

Trường THCS Quang Trung  được công nhận đạt chuẩn quốc gia theo Quyết định số 1621/QĐ-UBND ngày 08/06/2007 của UBND tỉnh Đồng Nai.